Cumpliendo con el procedimiento establecido en el Acuerdo de Ginebra de 1966, se estableció una "Comisión Mixta", integrada por 4 representantes: por la parte guyanesa, Donald Jackson y Muhamed Shahabudeen y, por la venezolana, Luis Loreto Hernández, Gonzalo García Bustillos (Luis Herrera Marcano fungió como el Secretario Ejecutivo).

[8]​ Por Venezuela se nombraron, como comisionados y fuera de la "Comisión Mixta", a Marcial Pérez Chiriboga, por la cancillería venezolana, Román Rojas Cabot, embajador venezolano en Guyana y el asesor Luis Herrera Marcano.

Por esa razón, el Protocolo de Puerto España de 1970, como instrumento internacional, nunca fue aceptado ni aprobado por el Congreso Nacional venezolano dominado, entonces, por el partido de oposición socialdemócrata Acción Democrática (AD); su rechazo también fue expresado por otros partidos y fuerzas políticas como URD, el PCV, el buró político del FDP y del Comando Nacional del MEP[17]​ así como de su líder Luis Beltrán Prieto Figueroa.

A pesar de ese incumplimiento y la improbación legislativa, las tres administraciones que se sucedieron durante el plazo que contemplaba la validez inicial del proyecto del Protocolo de Puerto España, lo observaron, internacionalmente, como si fuera legal[20]​ y lo reinterpretaban o justificaban, simbólicamente como válido, con intenciones nacionalistas y populistas, para la audiencia local venezolana.

No era la primera vez que el cuerpo legislativo venezolano se negaba a aprobar un tratado negociado por el ejecutivo y le restaba validez.

Una vez que el Tratado fuera aprobado, en 1834, por el Congreso neogranadino (actual Colombia), su texto fue presentado al Congreso venezolano en 1835; la comisión parlamentaria encargada de analizarlo, presentó en varias oportunidades sus informes desfavorables por lo que su aprobación final fue abandonada en 1840.

El 21 de junio de 1970 y desde la oposición, el líder del Partido Progresista del Pueblo (PPP), Cheddi Jagan, manifestó, que si su organización política lograba acceder al poder, desconocería al Protocolo de Puerto España; argumentó que ese tratado favorecía el mantenimiento del status quo y que Venezuela continuara su reclamo espurio sobre el territorio guyanés así como sus operaciones dentro del sistema interamericano.

A nivel genérico, el tema fronterizo, incluido en una categoría de seguridad social, civil y nacional, fue expuesto en una proporción poco significativa en los mensajes anuales de los presidentes Rafael Caldera (0,13/1), Carlos Andrés Pérez (0.05/1) y Luis Herrera Campíns (0.11/1).

Como consecuencia de la pronta reacción de Venezuela, la relación bilateral venezolana-guyanesa fue poco afectada porque se logró apresar a los sospechosos del hecho y se les imputó en un proceso penal militar.

[29]​ Sólo a partir de 1980, durante el gobierno de Luis Herrera Campíns (1979-1984), del partido social cristiano COPEI, Venezuela comenzó a expresar sus objeciones al financiamiento multilateral que perseguía Guyana para la ejecución del proyecto de construcción de la represa hidroeléctrica del Alto Mazaruni en el territorio del Esequibo.

[31]​ Durante su visita, el presidente guyanés ya había manifestado que "Guyana no cederá ni un milímetro de su territorio".

La respuesta oficial guyanesa –al anuncio venezolano sobre el Protocolo de Puerto España y el rechazo a la construcción del proyecto hidroeléctrico del Alto Mazaruni– consistió en acusar a Venezuela de "perseguir ambiciones expansionistas contra un país subdesarrollado".

[36]​ En reacción, Venezuela se opuso, ya oficialmente, al proyecto del Alto Mazaruni y bloqueó las gestiones que realizaba Guyana ante el Banco Mundial para obtener asistencia financiera.

[37]​ En la historiografía venezolana, el Protocolo de Puerto España ha recibido numerosas interpretaciones sobre sus orígenes,[38]​ conveniencia política,[39]​ legalidad[40]​ y el testimonio del presidente Rafael Caldera.

[43]​ En el año 2015 y durante la gestión de la canciller Delcy Rodríguez, se presentó otra interpretación en la publicación oficial del Ministerio del Poder Popular para Relaciones Exteriores titulada "Guayana Esequiba, Historia de un Despojo";[44]​ se afirmó, sin respaldo documental histórico, que en 1970 ..."las presiones estadounidenses contra el presidente Rafael Caldera para desconocer su presidencia... el canciller Arístides Calvani firmó lo que se llamó y se aplicó en su momento, el Protocolo de Puerto España, firmado en Trinidad y Tobago el 18 de junio de 1970, 4 años después del Acuerdo de Ginebra".

También y desconociendo la desaprobación legislativa del Protocolo de Puerto España, se afirmó que "...congeló la aplicación del Acuerdo de Ginebra por doce años".