Arroyos y ríos pequeños a grandes; agua muy clara sin contaminantes; corriente leve, nula a rápida; fondo de arena, grava, cantos rodados; con abundancia de plantas acuáticas y presencia baja a moderada de algas verdes; profundidad, 0.5-1.0 m. Se considera una especie bioindicadora de excelente a muy buena calidad del agua (González-Díaz, 2013 y Calixto-Rojas, 2017).
El reconocido ictiólogo norteamericano Seth Eugene Meek, en el año de 1901 colectó Profundulus oaxacae cerca de San Agustín Yatareni, Oaxaca, donde lo conoció como "escamudo oaxaqueño", un año más tarde hizo la descripción y originalmente se llamó Fundulus oaxacae, 5 años después se consideró un sinónimo de Fundulus punctatus (ahora P. punctatus), hasta que en 1999 se reconoce nuevamente como una especie genéticamente diferente, pero ya severamente amenazada, inclusive se declaró extinta en la localidad tipo.
Por la degradación y destrucción de hábitats en 1999 se sugería que la especie debía incluirse en la NOM-059-SEMARNAT 2010 en base a la evaluación MER como especie amenazada (A) (Martínez-Ramírez et.
En el año 2014 fue redescubierto por el Biólogo Víctor Ortiz en San Lorenzo Cacaotepec, actualmente se tienen identificadas al menos 8 poblaciones, por lo que se propone que debe entrar en la categoría "en Peligro de Extinción" en la NOM-059-SEMARNAT.
Desde el año 2014 a raíz del descubrimiento de una población abundante en el municipio de San Lorenzo Cacaotepec por parte del investigador M. en C. Víctor Manuel Ortiz Cruz, se creó la Iniciativa "Rescatando a Profundulus oaxacae" para el conocimiento del escamudo oaxaqueño, generar información sobre su biología básica así como lograr su reproducción en cautiverio como parte de su conservación integral (Ortíz-Cruz, 2015; Ortíz-Cruz, 2016; Ortiz-Cruz, 2022).