El presidente del Organismo Judicial es electo dentro de los 13 magistrados que componen la Corte Suprema de Justicia, el cual durará un año en dicho cargo sin derecho a reelección.

El actual Presidente del Organismo Judicial es el magistrado Teodulo Ildefonso Cifuentes Maldonado.

[1]​[2]​ En los actos oficiales del gobierno recibe el tratamiento y el cargo oficial como: Con respecto al orden de la institución Corte Suprema de Justicia u Organismo Judicial, en la descripción de arriba, ambos pueden colocarse primero o segundo, según sea el caso o de acuerdo a los actos protocolarios, ya que este orden no altera el título oficial de dicho funcionario.

Su período empezará el 13 de octubre del año en que es elegido y terminará el 13 de octubre del próximo año, para poder dar el traspaso a su sucesor.

En caso de falta temporal del Presidente del Organismo Judicial o cuando a la ley no pueda actuar o conocer, en determinados casos, lo sustituirán los demás magistrados de la Corte Suprema de Justicia en el orden de su designación.