Como máxima autoridad del Consejo, el presidente encabeza el Pleno, la Comisión Permanente y la Comisión de Estudios.
[1] En los casos de vacante, ausencia o enfermedad del presidente le sustituirá el consejero permanente a quien corresponda según el orden de las secciones.
Este es el punto que los historiadores consideran como el punto de partida del Consejo, sin embargo, la estructura y denominación del mismo varió con los años, llamándose también Consejo de Gobierno, Consejo Real o Consejo Real de España e Indias.
La presidencia del Consejo desde su creación siempre ha correspondido al monarca (incluso con el Consejo de Estado de la Constitución de 1812),[4] sin embargo, con la llegada de la monarquía constitucional a España y la limitación de los poderes reales, se creó una verdadera presidencia autónoma del Consejo que, al principio, durante el Consejo Real la ocupaba el presidente del Consejo de Ministros[5] y no será hasta 1858 cuando el Consejo Real fue reformado, que se creó una presidencia autónoma del Consejo de Estado.
[6] El presidente tendrá la obligación de inhibirse del conocimiento de los asuntos en cuyo despacho hubiere intervenido, o que interesen a empresas en cuya dirección, asesoramiento o administración hubiera participado él mismo o personas de su familia dentro del segundo grado civil por consanguinidad, o afinidad.