Basse-Kotto (francés: «Baja Kotto») es una de las 14 prefecturas de la República Centroafricana.

Está situada en el centro-sur del país, junto con la República Democrática del Congo.

Su capital es Mobaye.

Linda con las prefecturas de Haute-Kotto al norte, Mbomou al este, y con Ouaka al oeste y norte.