Aceptados tales antecedentes por el Parlamento, los jóvenes fueron declarados hijos ilegítimos y carentes, por tanto, de derechos al trono.
Rápidamente el pueblo comenzaría a tener la sospecha de que los príncipes habían sido en realidad asesinados por el ahora rey Ricardo III, concretamente asfixiados por orden suya.
El 30 de abril Ricardo arrestó al séquito de Eduardo incluyendo a su tío Antonio Woodville y su hermanastro Ricardo Grey, quienes fueron enviados a Pontefract Castle en Yorkshire y decapitados el 25 de junio en el mismo sitio.
En julio de ese año se intentó un rescate que fracasó.
El destino de los príncipes es un misterio que perdura hasta nuestros días.
Los cuerpos encontrados en la torre fueron enterrados en la abadía de Westminster, pero hasta ahora las autoridades no han permitido que se analice el ADN de ambos restos para identificarlos definitivamente.
Numerosas fuentes sugieren que existieron diferentes rumores posteriores a la desaparición de los príncipes.
Dominic Mancini y The Croyland Chronicle mencionan algunos que surgieron a finales de 1483, pero en ningún momento nombran culpables, diferentes personalidades de la época culparon del crimen a Ricardo III y al duque de Buckingham como autor del suceso.
Algunos historiadores mencionan que estas dos últimas fuentes no son del todo verídicas ya que fueron escritas o altamente influenciadas por John Morton, arzobispo de Canterbury, con órdenes de incriminar a Ricardo.
Un informe anónimo indica que los cuerpos fueron encontrados "rodeados de trozos de tela y terciopelo", lo cual puede indicar que los cuerpos pertenecían a la aristocracia.
Pollar señala que aunque los análisis modernos de ADN y de carbono 14 pudieran probar que los huesos pertenecen a los príncipes, no demostrarían quién los mató.
Aunque al declarar a sus sobrinos ilegítimos su camino al trono se hallaba despejado, su estadía en el trono no era del todo segura, y la existencia de los príncipes podría traer complicaciones posteriores, los enemigos de Ricardo podrían haber utilizado a sus sobrinos como figuras para futuras rebeliones.
Alrededor de 1577 se afirma que Ricardo buscando el amor y la aceptación del pueblo inglés negó los cargos de haber asesinado a sus sobrinos, pero otra prueba que inculpa a Ricardo es que nunca abrió ninguna investigación en torno al asesinato de sus sobrinos.
James Tyrrell fue un caballero inglés que peleó por la casa de York en múltiples ocasiones.
Buckingham pudo tener esperanza de acceder al trono o posiblemente estar actuando para un tercero.