Point accepted mutation

PAM1 se calculó considerando secuencias con una mutación puntual por cada cien aminoácidos.Este último ejemplo, en el que el número de sustituciones es superior al de aminoácidos, es ilustrativo en cuanto a la necesaria consideración de sustituciones múltiples sobre un determinado aminoácido (o sobre su situación en la secuencia) para periodos suficientemente largos.Por lo anterior, es apreciable que Dayhoff realizó un trabajo con un fuerte componente teórico al asumir que se puede calcular una matriz para secuencias divergentes desde una matriz para secuencias cercanamente relacionadas, elevando esta segunda matriz a una determinada potencia.No hay que olvidar que en los años de desarrollo de este trabajo el número de secuencias conocidas era relativamente escaso, por lo que trabajos posteriores con una más completa base empírica están ofreciendo a los investigadores mejores resultados (caso de las matrices BLOSUM).Las matrices PAM de uso más común son las PAM30 y PAM70.