Se ubicó en el ex Convento de San Diego -hoy Laboratorio Arte Alameda- hasta el 2000, cuando su colección fue trasladada al Museo Nacional de Arte.
Dado que por sus reglas constituyentes los dieguinos no podían contar con propiedades, cada Jueves Santo anualmente se realizaba un rito en donde se apagaban las luces del edificio, todos sus habitantes lo abandonaban y entregaban la llave a los patrones que guardaban propiedad sobre el inmueble, y este a su vez la devolvía al superior dieguino, simbolizando la permisión de ocupar el convento un año más.
En el siglo XIX le fue agregada la actual fachada neoclásica que conserva.
En 1861 los dieguinos fueron exclaustrados y, aunque el inmueble permaneció como sitio de culto, fue fraccionado para dar paso a las calles circundantes que desde el siglo XX se llaman Doctor Mora, Balderas y Basilio Badillo.
En el 2000 el espacio se convirtió en el Laboratorio Arte Alameda, y su acervo de 290 obras pasó a resguardo del Museo Nacional de Arte.