La pinacoteca debe su nombre al pintor peruano Ignacio Merino en reconocimiento a su trayectoria artística y al legado testamentario que dejó a su ciudad.
El primer director de la pinacoteca fue el reconocido pintor Daniel Hernández, quien realizó y publicó el primer catálogo de obras.
En la actualidad cuenta aproximadamente con 896 bienes culturales de diferentes periodos.
Entre sus adquisiciones, destaca la colección del pintor Ignacio Merino comprendida actualmente por 36 lienzos, que fueron cedidos por el artista antes de su deceso en París en 1876.
La pinacoteca cuenta actualmente con 18 salas de exhibición clasificadas por corrientes artísticas: