Sus padres, José Clemente Merino, juez real, subdelegado y comandante militar del Partido de Piura y Micaela María Muñoz, pertenecían a familias aristocráticas oriundas de Trujillo.

Estudió con los maestros franceses Paul Delaroche y Raymond Monvoisin, identificándose especialmente con el primero, cuya influencia seguramente despertó su afición por los temas históricos.

Fue sub-director y luego director de la Academia de Dibujo y Pintura fundada por el Virrey Abascal, desde donde ejerció gran influencia en la formación de otros preeminentes pintores, como Luis Montero, Francisco Masías, Francisco Arrese, todos piuranos, y sobre todo el tacneño Francisco Laso.

Producto de este período fue también Aparición del Arcángel en casa de Tobías, obra en la cual se advierte la maestría en el manejo del color y la luz, aspectos en que es superior a sus maestros y único en América.

[cita requerida] Merino, inspirándose en obras de la literatura europea; inglesa, española y francesa, plasmó en sus cuadros los temas históricos y dramáticos de autores como Shakespeare, Scott o Cervantes.