Licenciado en Derecho por la Universidad de Poitiers en 1916, se interesó poco después por la Prehistoria obteniendo un diploma en 1922 por la École du Louvre y publicando varios artículos de esta temática.Junto a otros científicos y personajes destacados encabezados por Robert Garric, Deffontaines se integró en una red de intelectuales católicos comprometidos por la cultura y educación de las clases más bajas.Sin embargo, las élites políticas y científicas francesas de aquel momento eran contrarias a cualquier vinculación entre iglesia y Estado, lo que pudo costar a Deffontaines no obtener una cátedra en la Universidad.Además se comprometió con el desarrollo del movimiento escultista y excursionista redactando varios trabajos.Su vida académica estuvo posteriormente vinculada a Brasil durante la década de 1930.