Esta situación cambió a finales del siglo X cuando los fatimíes llegan a Egipto «y el ambiente religioso del Islam se radicalizó con la aparición de sectas fanáticas integristas de compleja espiritualidad.» En 1012 el califa de Egipto, al-Hakim, saquea Jerusalén y destruye el Templo del Santo Sepulcro que permanecería en ruinas hasta el año 1048.

En esta fecha el califa al-Mustansir restablece el protectorado sobre la comunidad cristiana y permite al emperador bizantino Constantino Monomaco, que había socorrido al califa con grano para paliar una hambruna padecida, la reconstrucción del templo.

[4]​ En los años 1070, tal vez para tomar distancias con las amalfitanos, se decide crear un tercero hospicio.

Este hospital, bajo la advocación de San Juan Bautista, era atendido en el 1080 por Gerardo mientras el monasterio femenino era regido por la abadesa Inés.

Gerardo pidió que su hospicio fuera reconocido como autónomo por informe a los conventos benedictinos.

Yo Gregorio, cardenal sacerdote del título de San Crisogono, leo y suscribo.