[7]​ La especie P. burmeisteri fue descrita por primera vez por los ornitólogos alemanes Jean Cabanis y Ferdinand Heine en 1860 bajo el mismo nombre científico; la localidad tipo es:«Río de Janeiro, Brasil».

[4]​ El nombre genérico masculino «Phyllomyias» se compone de las palabras del griego «φύλλον» (phúllon) que significa ‘hoja’, y de la forma neolatina «myias» que significa ‘atrapamoscas’, a su vez derivado del griego «μυῖα, μυῖας» (muĩa, muĩas) que significa ‘mosca’; y el nombre de la especie «burmeisteri», conmemora al zoólogo y entomólogo alemán, radicado en Argentina Carlos Germán Burmeister (1807-1892).

[6]​ El grupo de subespecies P. burmeisteri zeledoni (incluyendo cinco subespecies: zeledoni, leucogonys, wetmorei, viridiceps y bunites), de distribución fragmentada desde Costa Rica hasta Perú, ya había sido tratado como la especie separada mosquerito de Zeledón (Phyllomyias zeledoni) por varios autores, entre ellos Ridgely & Greenfield (2001),[9]​ y Ridgely & Tudor (2009),[7]​ lo que fue confirmado más recientemente con base en diferencias vocales, morfológicas y genéticas, y seguido por las principales clasificaciones.

[6]​[10]​[11]​ Las poblaciones de las yungas de Bolivia y Argentina, fueron descritas como una subespecie P. burmeisteri salvadorii Dubois, 1900, y parecen diferir apenas en algunas medidas, con salvadorii descrita como ligeramente mayor con cola más larga; pero el taxón es considerado un sinónimo.

Las especies Phyllomyias fasciatus, P. griseiceps, P. griseocapilla y P. weedeni no serían parientes cercanos del resto de las especies, lo que forzaría, en el caso de una separación, a la resurrección de géneros a las cuales ya pertenecieron en el pasado, como Tyranniscus , Acrochordopus y Xanthomyias.