Se le denomina también tiranuelo cejiblanco (en Colombia), mosquerito frentiblanco (en Costa Rica), atrapamoscas de piernas ásperas (en Venezuela), tiranolete patirrasposo (en Ecuador), tiranolete tarsirrasposo (en Panamá, o moscareta de tarso rasposo (en Perú).[5] La especie P. zeledoni fue descrita por primera vez por el ornitólogo estadounidense George Newbold Lawrence en 1869 bajo el nombre científico Pogonotriccus zeledoni; la localidad tipo es:«Dota, Costa Rica.»[3] El nombre genérico masculino «Phyllomyias» se compone de las palabras del griego «φύλλον» (phúllon) que significa ‘hoja’, y de la forma neolatina «myias» que significa ‘atrapamoscas’, a su vez derivado del griego «μυῖα, μυῖας» (muĩa, muĩas) que significa ‘mosca’; y el nombre de la especie «zeledoni», conmemora al empresario, naturalista y colector costarriqueño José Castulo Zeledón (1846-1923).[7] La presente especie fue tratada anteriormente por diversos autores como dos grupos politípicos de subespecies del mosquerito de Burmeister (Phyllomyias burmeisteri) y ya había sido tratado como especie separada por varios otros autores, entre ellos Ridgely & Greenfield (2001),[8] y Ridgely & Tudor (2009),[5] lo que fue confirmado más recientemente con base en diferencias vocales, morfológicas y genéticas, y seguido por las principales clasificaciones.Las especies Phyllomyias fasciatus, P. griseiceps, P. griseocapilla y P. weedeni no serían parientes cercanos del resto de las especies, lo que forzaría, en el caso de una separación, a la resurrección de géneros a las cuales ya pertenecieron en el pasado, como Tyranniscus , Acrochordopus y Xanthomyias.[12] Según las clasificaciones del Congreso Ornitológico Internacional (IOC)[10] y Clements Checklist/eBird[9] se reconocen cinco subespecies, con su correspondiente distribución geográfica:[4]