[2] Un espécimen ha sido descubierto en Níger, pero no puede ser clasificado al nivel de especie.
[3] Phosphatosaurus está cercanamente emparentado al género cretácico Sokotosuchus, el cual es conocido de Níger y Malí.
Debido a que Phosphatosaurus es conocido sólo de localidades del Paleógeno, la cercana relación con Sokotosuchus implica que hubo un largo linaje fantasma extendiéndose hasta el Maastrichtiense del cual aún no se conoce registro fósil.
Un temprano análisi filogenético hecho por Buffetaut (1978), sin basarse en una matriz de datos cladística, posicionó a Phosphatosaurus en la base del cladograma debido a la presencia de muchas características primitivas en el género.
Estos dos géneros están más relacionados entre sí que con cualquier otro tipo de dirosáurido.