El peróxido de benzoílo se elimina con rapidez por los riñones, excretándose sin modificarse.
Un alza secundaria ocurre al lavarse la piel, lo que sugiere que el peróxido de benzoílo se retiene en el estrato córneo y la hidratación promueve su penetración.
Durante las primeras aplicaciones se puede experimentar irritación o resequedad en la piel, despellejamiento, cosquilleo, sensación de calor y picazón leve, pero ésta desarrolla resistencia en un lapso de una semana.
En casos más graves, donde la piel es mucho más sensible, se pueden llegar a experimentar quemaduras, y enrojecimiento además de que no debe usarse en mujeres embarazadas o que estén dando el pecho porque el peróxido de benzoílo absorbido por la piel puede afectar a la leche materna.
Este junto con el acetato de vinilo monómero y el benceno inician la reacción.