La clarificación natural es un proceso lento y dependiente del tipo de fruta, por lo que es recomendable la acción de las enzimas pectinolíticas o pectinasas para permitir que el material suspendido flocule y sea separado mayoritariamente por filtración del jugo o néctar.
El microorganismo más utilizado involucrado en la producción de enzimas pectinolíticas es Aspergillus niger.
Al actuar producen metanol a partir de los grupos carboxilos esterificados.
Las poligalacturonasas son enzimas que hidrolizan el enlace glucosídico contiguo al grupo carboxilo libre; en consecuencia, las pectinas de alto metoxilo se hidrolizan muy lentamente, mientras que las de bajo metoxilo son buen sustrato considerándose al pectato como el mejor.
Las endopoligalacturonasas atacan a la cadena peptídica al azar, mientras que las exopoligalacturonasas actúan sobre el lado no reductor del polímero.