De 1771 a 1778, Pavón cursó estudios superiores en geografía, física, química, mineralogía, farmacia y botánica.Asimiló con aplicación todos los cursos que se impartían en el Jardín Botánico de Madrid, dirigido por Casimiro Gómez Ortega.Con él participó en la expedición científica que se realizó a Perú.Cuando falleció Ruiz, Pavón continuó los trabajos que habían iniciado juntos.Pavón durante su vida fue un científico reconocido que logró ser miembro de las siguientes sociedades científicas: Existen registros de tres epónimos que fueron dedicados en su honor:
Placa del Paseo de José Antonio Pavón en su pueblo natal de Casatejada
