Fonseca, que jugó como futbolista en equipos portugueses como Estrela de Amadora, Vitória Guimarães, CS Marítimo, o Belenenses, empezó en 2007 su carrera en el banquillo en equipos juveniles y saltó esta temporada a la Primera División.
[1] Su regreso al Paços de Ferreira[2] en la temporada 2014-2015 lo volvió a colocar entre los técnicos lusos más prometedores, por lo que le llegó una nueva oportunidad de consolidarse en la élite.
[5] En 2015, Fonseca firmó con el SC Braga, relevando en el puesto a Sérgio Conceição, quien pese a la buena campaña del equipo abandonó el club por divergencias con el presidente, António Salvador.
[12] Bajo su dirección, el equipo italiano finalizó 5º en la Serie A 2019-20, clasificándose para la siguiente edición de la Liga Europa.
[13] Al año siguiente, terminó 7º en la Serie A 2020-21 y fue semifinalista de la Liga Europa.
Sin embargo, en junio de 2024, dejó su cargo en el club francés al expirar su contrato.