Tiempo más tarde trabajó como guía turístico en la denominada Expo 67, una feria mundial que tuvo lugar en Montreal en 1967.

El grupo formado en dicha protesta tuvo como resultado la Don't Make a Wave Committee, que actualmente es conocida como Greenpeace.

En junio de 1975, Robert Hunter y Watson fueron las primeras personas en arriesgar sus vidas para proteger a las ballenas, cuando Watson situó su embarcación rápida Zodiac entre el buque arponero soviético y una manada de cachalotes.

Watson observó como la ballena giraba con fuerza su cuerpo evitando caer sobre su embarcación, deslizándose por debajo de las olas y muriendo.

Watson sigue siendo el líder del Sea Shepherd hoy y utiliza el título de "Capitán", en referencia a su papel en la organización, aunque nunca ha sido licenciado como capitán de un barco.

Watson también fue cofundador de Amigos del Lobo y Earthforce Environmental Society.

[3]​ Watson publicó Earthforce!, una guía de estrategia para los activistas del medio ambiente, en 1993.

[4]​ En él, hizo suyas las tácticas de "sabotaje" que se han descrito anteriormente por Dave Foreman[5]​ y Edward Abbey.

Actualmente no ha habido éxito en los intentos de enjuiciar a Watson por sus actividades con Sea Shepherd desde el juicio en Terranova.

Watson también tuvo que abandonar Islandia entregándose a la policía, después de desactivar dos barcos en el puerto.