Hijo de un abarquero, Paul Baudry nació en La Roche-sur-Yon.
En 1850 recibió el Gran Premio de Roma por su pintura Zenobia hallada por pastores a orillas del río Araxes.
Esta influencia marcará sus obras a lo largo de toda su posterior carrera artística en Francia.
Dos de sus colegas, Paul Dubois y Antonin Mercié cooperaron con su hermano, el arquitecto Ambroise Baudry, erigiéndole un monumento funerario en el cementerio parisino de Père-Lachaise, donde fue inhumado.
También llevó a cabo la decoración de varios hoteles como el Fould, el Galliera o el Paivabut.