Se volvió contra el regente Juan Cantacuceno tras proclamarse este emperador en Didimótico y, apoyado por la emperatriz Ana de Saboya y Alejo Apocauco, se autoproclamó regente, lo que desencadenó la segunda guerra civil de Bizancio.

La rivalidad entre Cantacuceno y Juan XIV estalló a plena luz del día.

Aunque la emperatriz viuda tenía poca inclinación por las cuestiones teológicas, estaba bajo la influencia del patriarca y se puso de su lado.

Pero la disputa no amainó, y varios teólogos intervinieron a favor de Palamás.

Andrónico dejó el trono a Juan V Paleólogo, que entonces tenía nueve años y aún no había sido proclamado ni coronado co-emperador.

Esto creaba un vacío legal y ponía en cuestión el gobierno imperial.

Según la tradición, la regencia debía regresar a la emperatriz viuda, Ana de Saboya.

[8]​ La emperatriz viuda Ana de Saboya, aunque detestaba a Cantacuceno, al principio aceptó el hecho consumado.

Pero entonces entró en escena el ambicioso mega dux (almirante de la armada) Alejo Apocauco.

Aunque los hesicastas o palamitas no se alineaban todos con Cantacuceno ni los anti-palamitas con la regencia, ser partidario del palamismo pronto se convirtió en sinónimo de serlo de Cantacuceno, y ser anti-palamita equivalía a apoyar a la emperatriz y al patriarca.

En mayo de 1347, un monje palamita del Monte Athos, Isidoro Buquiras, reemplazó a Juan Calecas, quien debió exiliarse.