Isaías, por pedido del joven coemperador, convenció a Andrónico el Viejo de formar una comisión para esclarecer ciertas acusaciones contra su nieto.

La comisión juzgó inocente a Andrónico III, pero el viejo emperador finalmente la desestimó y la despachó con virulencia.

Muchos obispos se mostraron favorables, pero el patriarca Isaías, junto con otros prelados, no apoyaron al viejo emperador.

Lo cierto es que tres días después el patriarca convocó al pueblo al son de campanas y pronunció la excomunión para quien suprimiese el nombre del joven Andrónico III y no le rindiese honores de emperador.

[12]​ Allí permanecería hasta que meses después lo liberase el joven Andrónico III, tras vencer a su abuelo en mayo de 1328.

El primer acto de gobierno del victorioso Andrónico III fue restablecer al patriarca Isaías.

[15]​ El derrotado Andrónico el Viejo, aunque nominalmente siguió siendo emperador, se hizo monje, ya por elección, ya por coerción, y según algunos testimonios, Isaías habría sido uno de quienes lo forzaron a tomar los hábitos para asegurarse de que no pudiera volver efectivamente al trono.