[2]​ [3]​ El 25 de noviembre de 1965, es ascendido a teniente general y nombrado comandante en jefe del Ejército por el presidente Arturo Illia tras el pase a retiro del teniente general Juan Carlos Onganía.

[2]​ Durante su conducción hizo notar su disgusto hacia la gestión del mandatario radical Arturo Umberto Illia, este hecho tuvo lugar precisamente en el aniversario del Ejército Argentino, el 29 de mayo de 1966, cuando en la Plaza San Martín pronució, en presencia del presidente argentino, las siguientes palabras: Pascual Pistarini, junto con Juan Carlos Onganía y Julio Rodolfo Alsogaray fueron los principales mentores de la Revolución Argentina.

[4]​ Durante la crisis militar de 1962 desatada por los bandos Azules y Colorados, Pascual Pistarini, Julio Alsogaray, y Juan Carlos Onganía fueron miembros destacados del sector "azul", sector que abogaba por la no injerencia de las fuerzas armadas en la política argentina.

Consumado el golpe de Estado, el teniente general Pascual Pistarini junto con el brigadier general Adolfo Álvarez y el almirante Benigno Ignacio Varela, integró la Junta Revolucionaria que dictó el estatuto con el ordenamiento jurídico que permitió designar a Juan Carlos Onganía como el nuevo jefe del Estado.

[6]​ Juan Carlos Onganía no cumplió el pacto que originalmente había sido diagramado con los generales Alsogaray y Pistarini, ya que vetó la creación del cargo de Primer Ministro, y encaminó al país hacia un modelo corporativista, antagónicamente opuesto al modelo acordado, el del liberalismo económico.

[7]​ Ante esta situación tuvo lugar un breve diálogo entre Onganía y Pistarini: Técnicamente, fue solicitud de relevo.