Sin embargo, a partir de 1999 el PTC se constituye como una organización aparte y diferente del actual MOIR.

El primer Secretario General del Partido fue su fundador Francisco Mosquera, hasta su muerte en 1994.

Tras un periodo de la lucha interna, en 1999 el PTC se diferencia del actual MOIR, con Marcelo Torres como Secretario General.

Su fuerza sindical confluye en la Central Unitaria de Trabajadores (CUT), en esta organización forman parte del "sector democrático".

La organización juvenil del partido se denomina Juventud Patriótica-PTC, que reúne jóvenes de colegios, universidades y barriadas populares.

[1]​ Con el pasar del tiempo, el nombre PTC fue dejado de lado, y se utilizó únicamente MOIR para designar al movimiento tanto social como político.

No obstante en regiones como Antioquia, la salida de Alianza Verde se produjo antes, en 2019.

Forma parte del Pacto Histórico junto con otros líderes como Gustavo Petro.