Más tarde, los pueblos del Periodo Arcaico en Norteamérica establecieron refugios semipermanentes en la mesa y sus alrededores.

Más tarde, en el terciario, el último período de levantamiento e inclinación de la roca hacia el sur hizo que estos arroyos cortaran rápidamente la roca removiendo los sedimentos sueltos y formando los vastos cañones que se ven hoy en día.

Los paleoindios empezaron a habitar la mesa en número creciente c. 7500 a. C., aunque no está claro si eran ocupantes estacionales o residentes todo el año.

El pueblo Arcaico probablemente se desarrolló localmente, pero también fue influenciado por el contacto, el comercio y los matrimonios mixtos con inmigrantes de estas áreas periféricas.

[6]​ A finales del Arcaico, cada vez más gente vivía en refugios semipermanentes en la roca que conservaban bienes perecederos como cestas, sandalias y esteras.

El Arcaico tardío está marcado por el aumento del comercio de materiales exóticos como la obsidiana y la turquesa.

El pueblo Basketmaker II también es conocido por su característico arte rupestre, que puede encontrarse en toda Mesa Verde.

Durante los 150 años siguientes, las aldeas consistieron normalmente en pequeños grupos de una a tres viviendas.

Este cambio del seminomadismo a un "modo de vida sedentario y comunal cambió para siempre la sociedad ancestral Pueblo".

También facilitó el comercio y los matrimonios mixtos entre clanes, y a finales del siglo VIII, a medida que la población de Mesa Verde aumentaba con los colonos del sur, cuatro grupos culturales distintos ocupaban las mismas aldeas.

[24]​ Far View House, la más grande de ellas, es considerada un clásico "atípico" del Chaco, cuya construcción probablemente comenzó entre 1075 y 1125, aunque algunos arqueólogos sostienen que se inició ya en 1020.

[34]​ El sistema chacoano trajo grandes cantidades de bienes importados a Mesa Verde durante finales del siglo XI y principios del XII, incluyendo cerámica, conchas y turquesas, pero a finales del siglo XII, cuando el sistema se derrumbó, la cantidad de bienes importados por la mesa disminuyó rápidamente, y Mesa Verde quedó aislada de la región circundante.

Las estructuras construidas durante este periodo han sido descritas como "uno de los mayores tesoros arqueológicos del mundo".

Las innovaciones arquitectónicas como las torres y las estructuras de paredes múltiples también aparecen durante la Era Pueblo III.

La población de Mesa Verde se mantuvo bastante estable durante la sequía del siglo XII.

Este sistema probablemente se quebró durante la "Gran Sequía", lo que dio lugar a intensas guerras entre clanes rivales.

[45]​ La creciente incertidumbre económica y social de las últimas décadas del siglo provocó conflictos generalizados.

[51]​ La región de Mesa Verde experimentó condiciones inusualmente frías y secas a principios del siglo XIII.

[57]​[66]​ Aunque el Cañón Chaco pudo haber ejercido un control regional sobre Mesa Verde a finales del siglo XI y principios del XII, la mayoría de los arqueólogos ven la región de Mesa Verde como una colección de comunidades más pequeñas basadas en sitios centrales y sitios relacionados que nunca estuvieron completamente integrados en una estructura cívica más grande.

Dado que los Ancestrales Pueblo consideraban sagrado todo el material consumido y desechado por sus comunidades, sus basureros eran vistos con reverencia.

[90]​ El análisis por activación neutrónica indica que gran parte de la cerámica negra sobre blanco encontrada en Mesa Verde fue producida localmente.

[96]​ La ondulación se desarrolló probablemente cuando los antiguos alfareros intentaron imitar las propiedades visuales de la cestería en espiral.

[96]​ El arte rupestre se encuentra en toda la región de Mesa Verde, pero su dispersión es desigual y periódica.

Los ejemplos son relativamente raros en Mesa Verde propiamente dicha, pero abundantes en la zona media del río San Juan, lo que podría indicar la importancia del río como ruta de viaje y fuente clave de agua.

Los murales se situaban normalmente en la cara del banco de la kiva y solían rodear la habitación.

[101]​ El lugar estuvo habitado desde el siglo VI por los indios anasazi, que construyeron sus poblados primero en las cimas de las mesetas y más tarde, a partir del siglo XII en cuevas en las paredes de los cañones, hasta que fue abandonado repentinamente hacia 1275 por razones desconocidas.

Otros visitantes ilustres fueron la reportera Virginia McClurg, cuyos esfuerzos continuados durante años llevaron a la constitución del parque nacional; el fotógrafo y escritor Frederick H. Chapin, que en 1892 publicó The Land of the Cliff-Dwellers, el primer libro ilustrado en el que se ofrecía una descripción extensiva del lugar; y el geólogo sueco Gustaf Nordenskiöld, que en 1891 fue el primero en estudiar científicamente las ruinas.

A finales del siglo XIX era patente que Mesa Verde necesitaba protección ante el vandalismo continuado.

Aunque toda la extensión del parque ha vuelto a abrir, aún son visibles los daños sufridos.

El parque también tiene senderos señalizados, una zona de acampada, gasolinera, restaurantes y alojamientos, aunque estos están cerrados en invierno.