La dinámica del Río Paraná dio origen a las islas que hoy conforman el área protegida.

Las tortugas de laguna y la tortuga pintada son bastante comunes entre los reptiles presentes, como los sábalos, bogas, bagres y tarariras lo son entre los peces, grupo que incluye, además, al “tigre de los ríos”: el dorado.

Íntimamente ligado al agua, el carpincho (Hydrochoerus hydrochaeris) es el roedor más grande del mundo y un nadador experimentado.

El irupé (Victoria cruziana) es una de las plantas acuáticas más grandes del mundo.

Su nombre en lengua guaraní significa "plato de agua" por la forma que adquieren sus hojas.

[4]​ Según la promesa del ministro provincial de Aguas, Servicios Públicos y Medio Ambiente, Antonio Ciancio, su superficie aumentará en el futuro: «...un área...a la que iremos incorporando poco a poco más terrenos.»[5]​ Son muchos los ríos, riachos, canales, arroyos, lagunas y esteros en el parque nacional, destacando: el río Paraná, el río Coronda, el riacho El Ternero, etc.

Sumado al parque nacional Predelta, que se extiende hacia el norte ya en el territorio entrerriano, conforman un área protegida de gran longitud y relevante importancia para la zona del litoral argentino.

Todo este valle de inundación está ocupado por depósitos aluviales que la dinámica del río modifica constantemente.

El duraznillo blanco suele ser excluido por el junco, una delgada ciperácea que puede alcanzar hasta dos metros de altura.

Entre las aves encontramos el gavilán caracolero, un ave rapaz que caza los grandes caracoles operculados prosobranquios del orden Mesogastropoda, Ampullariidae), el hornero, el arañero cara negra, el tordo renegrido, el cardenilla, el cabecita negra, la torcacita, el federal, el jilguero, la tacuarita azul, el benteveo, el carpintero real, el chingolo, el zorzal colorado, el cardenal, entre otras.

Asociadas a lagunas, bañados y cursos hídricos, hallan hábitat propicios diferentes aves acuáticas, entre las que podemos reconocer al biguá, el caraú, la garza blanca, la garza bruja, cigüeñas, la espátula rosada, la garcita azulada, la gallareta chica, el gallito de agua, y el pato sirirí pampa, como los más abundantes.

El ciervo de los pantanos habitó hasta hace pocos años el área, y podría ser reintroducido.

[7]​ La intendencia del Parque está ubicada en la localidad de Puerto Gaboto en la calle Alameda al 1530.