[2] La administración del parque ha pasado a través de varias instancias federales y estatales.
La estación húmeda está determinada en gran medida por las masas marítimas tropicales y los ciclones que se forman en el verano.
[5],[6] Dentro del Parque el tipo de vegetación dominante es la selva baja caducifolia o bosque tropical caducifolio, que se caracteriza por marcada estacionalidad pues en época seca la mayor parte de la vegetación suele perder sus hojas.
El pastizal inducido ocupa el 14.5% del parque, mientras que la vegetación riparia el 7.5% y la agricultura de temporal el 3%.
Hasta el momento han sido identificadas dentro del Parque 527 especies de plantas, que corresponden a 362 géneros y 120 familias.
Las familias más abundantes por número de géneros son: Poaceae (27), Fabaceae (23), Asteraceae (28), Cactaceae (9), Caesalpiniaceae(9) y Malvaceae (10).
En las cañadas se pueden encontrar especies arbóreas como Enterolobium cyclocarpum y Licanea arborea.
Este es el caso de algunos reptiles como Crotalus sp, Pitouphis lineaticollis y Micrurus browni.
Tanto los guías locales como numerosas publicaciones turísticas hablan de muchos kilómetros más, pero esto es una leyenda, ya que la gruta fue mapeada en su totalidad desde 1971.
Se trata de un antiguo cauce subterráneo del Río San Jerónimo, mismo que actualmente circula por un nivel inferior situado unos 100 metros abajo.
Se estima que de esta superficie, el 41% requiere prácticas de reforestación en mayor o en menor grado, principalmente en áreas sobre las grutas y en los alrededores del nacimiento del Río Amacuzac.
(cifras al 2006)[4] Área esencial para los habitantes de la zona, ya que esta aporta diversos beneficios ecosistemicos, como la regulación del clima, captura del carbiono y porducción de oxígeno.
Aun así, las especies animales utilizadas con fines medicinales de la región son: Nasua narica (Tejón) y Dasypus novemcinctus (armadillo).
[4] El Parque Nacional tiene un importante potencial socieconómico y turístico que no ha sido aprovechado, pues anualmente sólo genera diez millones de pesos.
Se calcula que le Parque es visitado por 350 mil turistas locales, nacionales y extranjeros, de acuerdo con la información aportada por guías y personal administrativo; esto significa que cada turista, en pormedio, gasta únicamente 25 pesos en el área (enero 2006)[4] Dentro del parque en las bocas de los ríos subterráneos se puede practicar la escalada deportiva, esta zona fue equipada entre otros por los escaladores Arcadí Artis, Ulises Fierro, Emiliano Fernández, Diego López, Adizain Lemus y otros.
Los grados varían desde 10´s hasta proyectos no abiertos, existen alrededor de 40 vías equipadas.