Se desconoce exactamente la procedencia del nombre de Pareja: por un lado, Juan Catalina García indica que podría derivar del latín Parelia, que significaría pared o muro, haciendo referencia a alguna antigua estructura militar dada su posición;[2]​ por su parte, José Antonio Ranz Yubero lo asemeja a la asociación etimológica PAL, que hace referencia al hidronímico estanque;[3]​ y por otro lado, Pancracio Celdrán, coincidiendo con Juan Catalina García, indica Pareja como un diminutivo del sustantivo latino Paries, que significa pared.

También cuenta con varias urbanizaciones próximas al embalse de Entrepeñas: Las Anclas, Peñalagos y El Paraíso.

La villa de Pareja fue elegida por los obispos conquenses para vivir en ella durante largas temporadas.

De este modo, e invitado por los obispos en 1214, se alojó en Pareja el rey Alfonso VIII.

Entre el censo de 1857 y el anterior, disminuye el término del municipio porque independiza a 19141 (Hontanillas)[7]​