Mandado construir por los Reyes Católicos en 1494 calle Real arriba sobre un palacio nazarita, palacio que fue de los infantes de Muhammad III (1303-1309), y del que todavía se conservan importantes restos como la Sala Nazarí.

En 1521 fueron enterrados la primera vez los Reyes Católicos (Isabel y Fernando) en la capilla del convento, hasta que Carlos I de España ordenó al conde de Tendilla, que los enterrasen en el lugar que ocupan ahora: la Capilla Real de Granada, adosada a la actual Iglesia Catedral.

Abandonado el monasterio en 1835 por los franciscanos, el edificio fue utilizado durante el siglo XIX en múltiples usos, entre otros, como cuartel militar.

Bajo la dirección del arquitecto Leopoldo Torres Balbás se rescató de la ruina casi total entre 1927 y 1936, reconvirtiendo el edificio en residencia de pintores.

Francisco Prieto-Moreno Pardo, como jefe arquitecto y conservador de la Alhambra realizó excavaciones arqueológicas aflorando entre sus resto el ḥammān o baño árabe del palacio musulmán, edificando la zona que se usa hoy como parador.