Probablemente, es en este período cuando escribe sus “Sentencias”, basadas en la "Introductio ad theologiam" de Pedro Abelardo.

En 1153 es nombrado canciller de la Iglesia, erigiéndose como dirigente de los cardenales que se oponían al Emperador Federico Barbarroja, elegido en 1152, y que pretendía extender su imperio por toda Italia.

Mientras tanto, otros monarcas europeos también reconocieron a Alejandro como el papa legítimo.

Alejandro III permaneció en Sens hasta el 23 de noviembre de 1165 fecha en la que regresó a Roma, pero, de inmediato, tuvo que volver a huir presionado por el Emperador que, llegado a Roma en 1166, se hizo coronar por el antipapa Pascual III.

A partir de 1167 Alejandro III se refugió, sucesivamente, en Gaeta, Benevento, Anagni y Venecia.

En ella se confirma además un privilegio anterior concedido por el Papa Calixto II (1119-1124).

Alejandro III llevó a cabo una serie de reformas internas en la Iglesia y fortaleció la autoridad pontificia.