Varios historiadores argumentan que en la época precolombina el actual territorio del cantón, estuvo ocupada por la tribu Chonanas que había formalizado acuerdos de paz con los Huancavilcas.

Durante la etapa virreinal, se constituyó en una pequeña población conocido como "Embarcadero".

Fue el Dr. Vicente Piedrahíta Carbo (1834-1878), al retorno de un viaje a Oriente Próximo, denominó a varias propiedades con nombre de lugares que fueron visitados por él mismo, tales como: Palestina, Yumes, Tebas, Jordán, entre otros.

La hacienda pasó con el nombre Palestina a ser propiedad de varios propietarios constituyéndose en un sector cada vez más poblado.

La ciudad y el cantón Palestina, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo estipulado en la Constitución Política Nacional.