La creación del puerto de Málaga en el siglo XVIII y el espacio ganado al mar hicieron que la antigua aduana, ubicada en las Atarazanas, quedara separada del mar, por lo que la ciudadanía pronto demandó la construcción de un nuevo edificio.

Aunque estaba pensado para ser aduana, se inauguró en 1829 como Real Fábrica de Tabaco, en 1839 se ocupó como dependencias de la Hacienda Pública y más tarde fue Diputación Provincial y Subdelegación del Gobierno en la provincia.

El edificio destaca por sus muros almohadillados y por las altas palmeras que flanquean su fachada principal.

En 2006, el Gobierno adjudicó la redacción del proyecto para trasladar el Museo de Málaga a la Aduana y en 2007 todas las dependencias administrativas abandonaron el edificio.

En dicha rehabilitación se recuperó la cubierta original del edificio que era inclinada a dos aguas, perdida tras el incendio de 1922.