El elemento más espectacular hallado durante su rehabilitación en 1990 es una esquina de la muralla que cerraba la judería en época medieval.En 1623, Tomás Mañara Leca y Colona, rico comerciante de origen italiano, enriquecido en el comercio con el continente americano, adquiere el inmueble, remodelando la casa para acondicionarla y darle la apariencia de los grandes palacios nobiliarios, para lo que se construye la fachada principal a la calle Levíes que proporcionó al palacio una entrada de carácter más monumental, en la que se mantiene el estilo tardorenacentista, las obras de esta reforma son atribuidas al arquitecto y escultor Diego López Bueno.Posteriormente pasó a ser propiedad de José Vargas Zúñiga y María Josefa Federigi, heredera esta última del mayorazgo donde se incluía la casa.La entrada al palacio se realiza a través de un zaguán y un patio delantero con un pequeño apeadero con doble arcada, tras el que se accede al patio central, que constituye uno de los elementos más destacados del conjunto, con arquería sobre columnas en las dos plantas.La fachada mantiene una forma irregular ceñida a la sinuosidad y el carácter quebrado con los que estaba concebido el entorno urbano de la casa.
