El antiguo cuartel, construido en 1811 recibió modificaciones en 1905.

Pero fue durante el gobierno de Getúlio Vargas y de su ministro de guerra Eurico Gaspar Dutra que se decidió la construcción de un nuevo cuartel general bajo el proyecto del arquitecto Cristiano Stockler das Neves.

La construcción fue inaugurada el 28 de agosto de 1941 al mismo tiempo que se abría la avenida Presidente Vargas y centralizó toda la administración del ejército.

[2]​ En 1971, debido a la mudanza de la capitalidad a la ciudad de Brasilia, el palacio perdió su condición ministerial.

En 1974 fue denominado con su nombre actual y empezó a ser ocupado por el Comando Militar del Este.