En 1430, con la caída de Paolo Guinigi, la Ciudadela también fue desmantelada, pero también en este caso el gobierno republicano restaurado decidió seguir teniendo su sede en el palacio que perteneció a Castruccio.

Este acontecimiento llevó a la República a solicitar la intervención del célebre arquitecto florentino Bartolomeo Ammannati,[4]​ responsable del primer proyecto orgánico que sólo se realizó parcialmente.

A instancias de la princesa Elisa Baciocchi, el palacio se aisló en el lado este creando una gran plaza.

Los últimos cambios los hizo el propio Nottolini en la época del duque Carlo Lodovico con la construcción de la Palazzina Nuova[4]​.

El declive del edificio comenzó con la anexión al Gran Ducado de Toscana (que tuvo lugar en 1847).