El palacio tiene su origen en las casas de los Santa Cruz y de Lucas, que se construyeron adosadas a la muralla de la ciudad, junto a la puerta del Mercado (la que daba acceso desde la Trapería al espacio extra muros que constituía la plaza del Mercado), casas que pasando el tiempo, se vincularon a los apellidos Almodóvar y Melgarejo.

A partir del siglo XIX fue sede del Tribunal de Comercio de Murcia, mientras que en 1870 pasó a acoger el colegio Saavedra Fajardo.

El palacio vivió una importante reforma en 1908, ampliándose a costa de una casa que hacía esquina con la calle Serrano Alcázar, manteniéndose la portada, aunque recolocada en la parte central del nuevo edificio resultante.

En esas obras se sumó al edificio original un sótano con ventanas y una planta más en donde se localizaba el antiguo desván o cámara, además de dos balcones más a cada lado de la portada.

Se entiende como una reacción contra el ideal de belleza clásica y una complicación laberíntica tanto en lo formal (línea serpentinata, anamorfosis, exageración de los movimientos, los escorzos, las texturas, los almohadillados, alteración del orden en los elementos arquitectónicos) como en lo conceptual (forzando el decorum y el equilibrio alto-renacentistas, una "violación de la figura"), que prefigura el "exceso" característico del barroco.