En 1945 se afilió al Partido Laborista, que llevaba como candidato al coronel Juan Domingo Perón, fundando un año después el Partido Peronista de Azul, su ciudad de origen.

Pasada ya la cuarentena, se casó con María Antonia "Toni" Moro, hija de exiliados españoles del bando republicano y que fuera su sostén y compañera inclaudicable durante toda su vida.

Pocos años después nacieron Gloria Bidegain y Cristina, sus hijas, quienes años después, siendo también militantes del peronismo revolucionario, debieron exiliarse junto con Bidegain durante la cruenta dictadura iniciada en 1976.

Entre 1948 y 1955 fue elegido diputado nacional por la Provincia de Buenos Aires, cargo que ostentó conjuntamente con sus labores de organizador del Partido Peronista en Chaco, Formosa y Misiones, por entonces Territorios Nacionales.

Un año después sufrió un atentado con explosivos, hecho que se repitió en su propia vivienda en 1960.

Durante los 18 años en que el peronismo estuvo prohibido, Bidegain integró las estructuras más o menos clandestinas que Juan Domingo Perón comandaba con sigilo desde su exilio en Puerta de Hierro, Madrid.

Se tendían así premeditadamente desde su Gobierno puentes para la paz social, puesto que en dicho Operativo trabajaban codo a codo en conjunto tanto militares como funcionarios provinciales y militantes de la Juventud Peronista Revolucionaria.

Ante el ataque perpetrado por el ERP contra objetivos militares sitos en Azul, el presidente Perón emitió dos mensajes, que quebraron la relación con Bidegain definitivamente.

Su participación y denuncia fundamentada, ayudó a que toda esa barbarie fuese definida como “crímenes contra la humanidad”.

A los 76 años de edad, Bidegain se ofrecía La dictadura militar le impidió pisar suelo patrio e ignoró su pedido.

El embajador argentino en Lima, contralmirante Luis Sánchez Moreno le comunicó la negativa en una entrevista de apenas dos minutos en la que ni siquiera los invitó a sentarse.

En 1987 se conocieron unas declaraciones suyas que hacen referencia a la coyuntura política nacional: