Algunos grupos de municipios con intereses comunes se constituyen en mancomunidades, a las que trasladan diversas competencias.
Lo comprenden los municipios: Aguilar del Río Alhama, Alcanadre, Aldeanueva de Ebro, Alfaro, Arnedillo, Arnedo, Ausejo, Autol, Bergasa, Bergasillas Bajera, Calahorra, Cervera del Río Alhama, Corera, Cornago, Enciso, Galilea, Grávalos, Herce, Igea, Munilla, Muro de Aguas, Navajún, Ocón, Pradejón, Préjano, Quel, El Redal, Rincón de Soto, Santa Eulalia Bajera, Tudelilla, Valdemadera, El Villar de Arnedo, Villarroya y Zarzosa.
Estas zonas se corresponden prácticamente con los partidos judiciales de Haro, Logroño y Calahorra, respectivamente.
De esta forma, las zonas más al norte forman valles amplios, aptos para la agricultura y el transporte, mientras que las zonas montañosas al sur son más apropiadas para el aprovechamiento forestal y la ganadería.
Al contrario que en otras comunidades de España, no existe una delimitación oficial (fijada por gobierno de la comunidad) que permita identificar las distintas comarcas, pues no tienen ninguna atribución política.
La Rioja se ha caracterizado por ser tierra de fronteras ya desde tiempos del Imperio romano.
Las delimitaciones geográficas serían: La Rioja natural engloba todo el territorio que abarcan desde su nacimiento hasta su desembocadura los siguientes ríos con sus correspondientes valles: Tirón, Najerilla, Oja, Iregua, Leza, Jubera, Linares, Cidacos y Alhama, además de los respectivos afluentes de los mismos.
Pertenecientes actualmente a Navarra: Aras, Corella, Cintruénigo, Fitero y Viana.
Su divisoria estaría en río Iregua, es decir, también en la línea vertical de Logroño hacia el sur.
Asimismo, añade como otro componente la parte de la Sonsierra que comúnmente llaman Rioja Alavesa.
Existen dos enclaves en La Rioja Alta junto a los Montes Obarenes, pertenecientes a la provincia de Burgos, llamados El Ternero y Sajuela, este último sin núcleo de población.