[3]​[4]​ El operativo conjunto fue cuestionado acerca de las faltas y violaciones a los derechos humanos en los que podría incurrir, dada la presencia militar entre la población civil del estado de Michoacán.

[6]​ El gobierno federal mexicano no dio a nuevos reportes de resultados acerca del Operativo Conjunto Michoacán.

El ejecutivo federal y sus correspondientes dependencias se han mantenido en un estado hermético acerca de los resultados que se han alcanzado con los operativos realizados.

[3]​ Los medios de comunicación han recopilado diverso material fotográfico que retrata numerosos cateos y detenciones realizadas por parte del Ejército mexicano en el estado de Michoacán, México.

[3]​ En junio de 2009, el gobierno federal arresto a 35 funcionarios y ex funcionarios (los cuáles fueron llamados popularmente "El Michoacanazo"), esto por sus nexos con el narcotráfico, siendo un escándalo en el ámbito político a nivel nacional.