Uno de estos fósiles fue identificado como un odobénido y nombrado Alachtherium cretsii.
[6] Sin embargo, por décadas Ontocetus fue relacionado con los fisetéridos, ya que el espécimen tipo se había perdido.
T. huxleyi, A. cretsii, A. antwerpiensis, A. antverpiensis, A. africanum y P. alleni fueron declarados sinónimos menores de O. emmonsi basándose en las comparaciones con USNM 329064.
T. koninckii, por otro lado, fue considerado como no diagnóstico y designado como un nomen dubium.
[13] En un caso adicional, Ontocetus oxymycterus fue nombrado por Remington Kellogg en 1925 con base en el espécimen USNM 10923, extraído de la formación Monterrey de mediados del Mioceno (Serravalliense) en Santa Bárbara (California).