Debutó en el verano 1998 en un partido contra el América, pero no es sino hasta el invierno de 2000 que toma más regularidad, formando parte del equipo campeón de Liga en el Invierno 2000 y desde el 2004 se convirtió en el capitán del Morelia tras el retiro de Darío Franco, siendo destituido en el Clausura 2009 por Mauricio Martín Romero.

Para el Apertura 2009 no entra en planes del técnico Tomás Boy y es prestado al Atlas después de haber pasado 11 años jugando para el Monarcas Morelia y haber jugado más de 350 partidos.

Es prestado a Tigres de la UANL en el torneo apertura 2010 donde no tiene continuidad.

El cuerpo técnico del Club Celaya dio de baja a siete jugadores, por lo que ya no estarían para el Torneo Clausura 2012 de la Liga de Ascenso, entre las bajas se encontraba Omar Trujillo de los de más experiencia, aunque en esta temporada tuvo poca participación.

[1]​ Una vez que se quedó sin equipo anunció su retiro tras ser despedido del Celaya.