Es especialmente conocido por sus publicaciones sobre el islam político y las relaciones de las sociedades musulmanas con Occidente.

Estudió Filosofía y Lenguas Orientales de 1968 a 1972.

Desde septiembre de 2009, es profesor en el Instituto Universitario Europeo de Florencia (Italia), donde dirige el Programa Mediterráneo y ha dirigido desde 2011 el proyecto financiado por el ERC "ReligioWest".

Roy considera que los jóvenes terroristas actuales no son "productos" del islam sino que están motivados por una radicalidad revolucionaria que les acerca a los grupos terroristas europeos, Action directe en Francia (1979-1987) o Brigadas Rojas italianas, responsables de numerosos atentados en Europa.

Son jóvenes "nihilistas" -considera- y no utópicos.