En su ensayo Jihad (2000), analiza el desarrollo del islam político, concluyendo que su radicalismo actual es señal inequívoca de su declive.

Luego de una formación clásica, inicia su aprendizaje del árabe en el Medio Oriente en 1974.

Inicia un trabajo de campo sobre el desarrollo del Islam en tanto fenómeno social y político.

Naissance d’une religion en France (1987, 1.ª edición francesa), obra pionera sobre el islam en Occidente.

Cristianos, judíos y musulmanes a la reconquista del mundo (traducido en 19 idiomas).

En 1993, defiende su Habilitación (HDR) frente un jurado compuesto por los profesores René Rémond (Presidente de Sciences Po en ese entonces), Rémy Leveau, Ernest Gellner, Alain Touraine y André Miquel.

Nombrado Director de Investigaciones en el CNRS en 1995 y luego profesor Asociado en Columbia y en la Universidad de Nueva York, publica un nuevo libro La Yihad (2000, 1.ª edición francesa), estudio global sobre el mundo musulmán que abarca desde Indonesia hasta África.

Fenómeno que Gilles Kepel estudia en forma pormenorizada en su libro Fitna.

Guerra en el corazón del Islam (1.ª edición francesa 2004) así como también en Terror y Martirio.

En 2006, junto a sus estudiantes, Gilles Kepel coedita Al Qaeda a través de sus textos en el que analiza los escritos de los ideólogos yihadistas Abdallah Azzam, Oussama Ben Laden, Ayman al-Zawahiri y Abou Moussab Al-Zarkaoui Nombrado profesor de Ciencias Políticas en Sciences Po., crea el Campus Medio Oriente Mediterráneo así como también el Foro EuroGolfo.

Dirige el seminario mensual “Violencia y Dogma: uso del pasado en el islamismo contemporáneo”.