En 1838, Cowdery fue excomulgado de la Iglesia y más tarde llegó a ser un metodista.

En su juventud, Cowdery buscó tesoros enterrados usando una varilla de zahorí.

Trabajó como dependiente en una tienda por varios años y en 1829 se convirtió en profesor de escuela en Mánchester, Nueva York.

Cowdery También intentó infructuosamente traducir parte del Libro de Mormón.

[8]​ Más tarde ese año, Cowdery informó compartir una visión, junto con Smith y David Whitmer, en qué un ángel les mostró los planchas doradas.

Martin Harris dijo haber visto una visión similar más tarde ese día.

Su testimonio ha sido publicado en casi cada edición del Libro de Mormón.

[9]​ Cowdery fue también un miembro del primer Sumo Consejo Presidente de la iglesia, organizado en Kirtland, Ohio, en 1834.

Tuvieron cinco niños, de quien sólo una hija sobrevivió hasta la madurez.

Su versión no fue enteramente congruente con la historia oficial más tardía de la iglesia.

[11]​ Para principios de 1838, Smith y Cowdery discreparon en tres asuntos significativos.

[14]​ David Whitmer también fue excomulgado de la iglesia al mismo tiempo y el apóstol Lyman E. Johnson fue desafiliado; John Whitmer y Phelps había sido excomulgados por razones similares un mes antes.

El Manifiesto Danita fue una carta dirigida a Cowdery y los otros disidentes, que fue firmada por cerca de 84 mormones.

Advierte queTendrán tres días después de que reciban esta comunicación, incluyendo veinticuatro horas en cada día, para que partan con sus familias pacíficamente; lo cual pueden hacerlo sin ser molestados por ninguna persona; pero en aquel tiempo, si ustedes no han partido, utilizaremos los medios en nuestro poder para obligarles a partir.Cowdery y los disidentes huyeron del condado.

Cowdery también se unió allí a la iglesia Metodista y sirvió como secretario en 1844.

Una facción siguió a James J. Strang como el siguiente "Profeta, Vidente, y Revelador".

Strang reclamó que había encontrado y traducido antiguos registros gravados en planchas de metal.

[22]​ La deteriorada salud de Cowdery no le dejó aceptar esta asignación, y en ocho meses había muerto.

[26]​ El manuscrito del impresor también contiene errores de copista causados por la similitud visual entre palabras.

[29]​ Por varios años, Cowdery y su familia asistieron a la Iglesia Congregacional en Poultney, Vermont cuando su ministro era el Rev.