La montaña más importante que atraviesa el municipio se encuentra al sector Nor - Este, dedicada exclusivamente a la caficultura; esta cadena montañosa es un eslabón de la Sierra de Comayagua, finalizando en la meseta conocida como Valle Grande.
Entre los grupos de plantas que actualmente se conservan en el municipio tenemos: pino, encino, nance, liquidambar, aguacate ligero, aceituno, ascan, almendro, maria, cedro, caoba, guanacaste, ceiba, madreado, mando, naranjo, tamarindo, pendula, chichipale, capulin, marafunda, arrayan, guama, guajiquil, espino blanco, cachito, jagua, guayabo, jicaro, cilinera, quebracho, aguacate pipa, chaparro, curtidor, roble blanco, jiñicuite, sangroso, higo, limoso, laurel, jucucua, palo brujo, olivo, limón, achiote, etc.
Existen también plantas usadas en la industria artesanal, como: el vallal, mezcal, izote, etc.
Además con la incorporación del plantas con fines ornamentales como el eucalipto, acacia amarilla, laureles, ficus, palma africana, carreto, nim, ciprés, etc.
La mayoría de estas plantas se encuentran en grupos muy representativos en diferentes zonas del municipio.