La sociedad posteriormente (1744) cambiaría la denominación por Academia Prusiana de las Ciencias (en alemán: Preußischen Akademie der Wissenschaften).

El primer astrónomo en realizar investigaciones en la Sociedad de Ciencias fue Gottfried Kirch que trabajaba desde un observatorio privado ubicado en la calle Wallstraße.

En 1825 el rey de Prusia Federico Guillermo III designó a Johann Franz Encke como director.

[2]​ Ubicándose en la calle Lindenstraße en la que hoy en día es un área entre Encke-, Bessel- y Markgrafenstraße, el edificio entró en funcionamiento en 1835.

En el periodo que va desde 1865 hasta 1903 fue director del observatorio astronómico Wilhelm Julius Foerster.

En el periodo de 1866 hasta 1900, el astrónomo alemán Arthur Auwers elaboró en Berlín un catálogo fundamental con casi 170.000 estrellas.