Se allanó la parcela para instalar el observatorio, pasándose acto seguido a dererminar su localización exacta.
Adolph Cornelius Petersen, un antiguo empleado de Schumacher, asumió la dirección del observatorio.
Tras su muerte, una comisión danesa decidió que el observatorio volviese a operar de nuevo.
Como último director fue nombrado en 1854 Christian August Friedrich Peters, que ya había trabajado en los Observatorios de Hamburgo, Púlkovo y Königsberg.
Las "Nachrichten" se convirtieron por un tiempo en un panfleto carente de imparcialidad, al que muchos autores procuraban no acercarse.
En 1864, la anexión de los Ducados a Alemania supuso que el observatorio perdiese su apoyo financiero.
El edificio de la avenida Palmaille fue destruido en la Segunda Guerra Mundial, durante un bombardeo aliado en 1941.