Tras su paso por la ciudad de Tarija, y desde hace aproximadamente una década, sufre serios problemas de contaminación debido en gran parte a los residuos que se arrojan a este río o a las quebradas que le son afluentes.

[1]​ Tras su confluencia y el paso por la comunidad de Tomatas Grande toma el nombre de río Nuevo Guadalquivir, o simplemente río Guadalquivir (que no debe ser confundido con su homónimo español).

Tras pasar La Angostura, el río Tarija continúa muy encajonado y con dirección muy variada, predominando la NO - SE y la N - S hasta su confluencia con el río Itaú.

Este sector de río es fronterizo entre Bolivia y Argentina.

Todo el conjunto hidrológico descrito se denomina Subcuenca Tarija-Bermejo.