La finalización del escenario que enfrenta a un "jefe" concluye una parte del juego, que es llamada en forma dramática "Acto", e indica el inicio de la siguiente.
En este juego Ryu comienza con ninguna Arte o Habilidad especial, las Artes del Fuego invencible (que hacen a Ryu invencible al poner un aro de fuego alrededor de él, que elimina todo lo que se cruce en el camino del Ninja) y el Reloj de arena (que paraliza a los enemigos por un corto periodo de tiempo) se activan de manera automática al obtenerlas y al terminar su accionar desaparecen del inventario, hay también dos tipos de Shuriken (estrella dardo) y un Arte llamada "jump and slash" para atacar a los enemigos con la espada mientras Ryu ejecuta un salto que solo aparece en este juego.
Los contenedores de ítems, artes y demás power-ups tienen formas distintas dependiendo del Acto en el que se encuentre Ryu.
Tras salir vencedor en una serie de enfrentamientos, se encuentra con una mujer llamada Irene Leu, quien lo seda.
La estatuilla de Ryu es robada, y él sale en una persecución para recuperarla.
¿Podrá Ryu vencer a Jaquio, y evitar el despertar del Demonio?
Ryu debe encontrar respuesta a estas preguntas, antes que se produzca el eclipse que llamará al Demonio de vuelta a estas tierras.
No desaparecen al terminar un acto y solo se pierden cuando Ryu muere.
Además revela que el Gobierno ha estado siguiendo las actividades de Ashtar relacionadas con un templo escondido bajo la tierra, y protegido por el Laberinto de la Maldad.
Ryu comienza cada Acto y vida perdida con el Windmill Shuriken.
Desaparecen los ítems de Fantasmas, pero en su lugar ahora Ryu obtiene un power-up que consiste en una extensión para su espada de dragón, de modo que ahora puede abarcar un rango mucho mayor al atacar con su espada, evitando tener que agacharse o acercarse mucho a enemigos que estén en el piso, a diferencia de los fantasmas de Ninja Gaiden II, este power-up desaparece al terminar cada Acto y hay que obtenerlo nuevamente al comenzar el siguiente.
Pero una noche, la aldea Hayabusa es atacada por un enemigo desconocido mientras Ryu entrenaba fuera de la aldea, su nombre es Doku, Lord de los grandes demonios que fue despertado por alguien para conseguir "La Espada del Dragón Oscuro".
En Ninja Gaiden 2 podemos apreciar las espadas gemelas que aparecieron en el Ninja Gaiden Sigma para PS3, estas katanas tienen el nombre de Dragon's Claw and Tiger's Fang (Garra de dragón y Colmillo de tigre),las nuevas armas son la Guadaña Eclipse, las Tonfas, la Kusarigama, la espada del archidemonio,las espectaculares Vigoorian Flail en nivel aumentado al máximo, el arco del dragón, el báculo lunar aumentado al nivel 4 pero además de las espadas gemelas y las nuevas armas que en total son 8, la Dragon Sword siempre será el arma principal y preferida de Ryu Hayabusa.
Para esta nueva entrega los ninpos fueron mejorados, ahora serán más útiles que los anteriores y se podrá apuntar si el ninpo lo requiere, no será un ataque aleatorio.
Mientras Yaiba avanza a través de las misiones también buscará venganza contra Ryu por su pasado encontronazo.
El videojuego ha recibido críticas mixtas pero en su mayoría malas, en especial fue criticado por la falta de armas y el reemplazo del director del proyecto de las anteriores sagas.
Este juego es una versión mejorada del Ninja Gaiden 3, contando con personajes, armas, y otros elementos nuevos.
Los personajes que incluyen son el propio Ryu Hayabusa, Kasumi, Ayane y Momiji.
Estos añadidos pueden consultarse en su pàgina oficial (a final de página): Ninja Gaiden 3 - Características en XBOX 360 y PS3 (Nintendo DS) Juego basado en el mundo de Ninja Gaiden para la consola Nintendo DS.
Para movernos, atacar y demás acciones tendremos que usar el stylus de esta consola portátil.
En este juego se podrá utilizar el poder de la espada del dragón y también se daran a conocer nuevos personajes y locaciones totalmente nuevas como Corea, etc. Dentro del juego se agregaron "artes ninja" como en los juegos anteriores, dentro de los más destacados están: Así como las artes ninja también están disponibles las siguientes armas: